År 1098 räknas som startpunkt för cisterciensorden. Då grundades klostret Cîteaux av abboten Robert som tillsammans med tjugoen munkar lämnade det benediktinska klostret i Molesme och slog sig ner i träskmarkerna nära floden Dijon i Bourgogne. Munkarna ville återgå till ett mer asketiskt liv och leva i enlighet med de stränga regler som Sankt Benedikt av Nursia författat på 500-talet. Till en början fanns bara män inom cisterciensorden. Nunnekloster tilläts motvilligt från 1200-talet.
Sankt Benedikts Regel låg till grund för cisterciensorden. Man läste dagligen högt ur den och när ett nytt kloster grundades genom utvandring (filiation) från ett befintligt kloster fick munkarna med sig en avskrift av regelboken från sitt moderkloster.
Enhetlighet och centraladministration kännetecknar cisterciensorden fram till 1300-talet när antalet kloster blev så stort att det var svårt att hålla samman dem. Som mest fanns cirka 1800 kloster. När Stephen Harding valdes till abbot i Cîteaux 1109 utarbetade han Charta Caritatis (1119) som fastställer cisterciensordens högsta ledning med generalkapitlet och gudstjänstordningen. Charta Caritatis fanns i alla cistercienskloster och lästes enligt en fastställd ordning. Under sin tid som abbot arbetade Stephen Harding också med Sedvaneboken, Liber Usuum, som innehåller mycket detaljerade föreskrifter om gudstjänster och böner. Den blev klar under hans efterträdares tid 1134. Även Sedvaneboken medfördes till varje nygrundat kloster.
Organisatoriskt var alla kloster underställda generalkapitlet som årligen samlades i Cîteaux och till det skulle alla abbotar, utom de som bodde mycket långt borta, inställa sig varje år.
På generalkapitlet beslöts om förändringar i liturgin eller om ett kloster skulle få föra in ett nytt lokalt helgon i sin kalender. Generalkapitlet var också ordens lagstiftande myndighet. Cisterciensorden kovar under sin storhetstid en självständig, överstatlig organisation. De enskilda ländernas kyrkliga myndigheter ingrep mycket litet i dess angelägenheter. Klostren och världsliga kyrkor hade skilda gudstjänstordningar.
Efter tre år i Cîteaux sändes den unge munken Bernhard ut från moderklostret tillsammans med tolv andra munkar för att grunda ett nytt kloster. De slog sig ner vid floden Aube i Champagne och det nya klostret som invigdes 1115 fick namnet Clara Vallis , den ljusa dalen, mer känt som Clairvaux. Bernhard ledde klostret till sin död 1153. Han helgonförklarades 1174.
Bernhard av Clairvaux, eller Sankt Bernhard, var en av de viktigaste andliga och politiska personerna under 1100-talet. Han skrev ett stort antal religiösa skrifter och utvecklade Mariakulten. Alla cistercienskloster står under den heliga Jungfruns beskydd och sedan S:t Bernhards tid avslutar cistercienserna varje dag med att sjunga Maria-antifonen Salve Regina , Var hälsad, drottning.
Bernhard var en god organisatör med mycket makt och han anlitades av påvar och kungar för att lösa konflikter och försvara kyrkans ställning.
Under tystnad skulle munkar och nunnor följa ordens ledord Ora et labora – bed och arbeta. Klostren anlades nära vattendrag i utmarker som skulle odlas upp. Cisterciensklostren fick till en början inte bedriva handel men man tog emot markdonationer och byggde upp en blomstrande jordbruksnäring med utgårdar som låg i klosteranläggningens omgivningar. Förutom lantbruk ingick drift av kvarnar, smedjor, glasbruk, fiskodling, fiske och vinodling. Med tiden öppnade många kloster butiker i närbelägna städer. Cisterciensernas ekonomi växte sig stark från mitten av 1100-talet när Europas befolkning ökade. De tillämpade sin tids nyheter, hade en rationell arbetsorganisation och god planering.